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Need to find treatment file…

2 Genome

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/home/shared/datasets download genome accession GCF_031168955.1 --include gff3,gtf,rna,cds,protein,genome,seq-report

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--- title: "Genome files" description: "for cod" date: 05-13-2024 author: - name: Steven Roberts url: orcid: 0000-0001-8302-1138 affiliation: Professor, UW - School of Aquatic and Fishery Sciences affiliation-url: https://robertslab.info categories: [R, datasets, cod] # self-defined categories #citation: #url: # self-defined image: http://gannet.fish.washington.edu/seashell/snaps/2024-05-13_16-23-23.png # finding a good image draft: false # setting this to `true` will prevent your post from appearing on your listing page until you're ready! format: html: code-fold: true code-tools: true code-copy: true highlight-style: github code-overflow: wrap --- - <a href="#1-reads" id="toc-1-reads">1 Reads</a> - <a href="#2-genome" id="toc-2-genome">2 Genome</a> # 1 Reads ``` bash ls /home/shared/8TB_HDD_02/shedurkin/project-cod-temperature/output/05-cod-RNAseq-trimming/trimmed-reads ``` 100.flexbar_trim.R_1.fastq.gz 100.flexbar_trim.R_2.fastq.gz 100.flexbar_trim.R.log 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