e5 lncRNA comparison

lncRNA Comparison

Steven Roberts 11 August, 2023

0.1 grabbing 3 fastas..

cd ../data

curl -O https://raw.githubusercontent.com/zbengt/coral-lncRNA/main/ouput/apul_bedtools_lncRNAs.fasta

cd ../data

curl -O https://raw.githubusercontent.com/zbengt/coral-lncRNA/main/ouput/peve_bedtools_lncRNAs.fasta

cd ../data

curl -O https://raw.githubusercontent.com/zbengt/coral-lncRNA/main/ouput/pmea_bedtools_lncRNAs.fasta

0.2 File format


head ../data/*fasta

## ==> ../data/apul_bedtools_lncRNAs.fasta <==
## >::NC_058066.1:468618-469943
## taactgatcaaaacgtatcttcctacaacattaatttgacagtggcgtttctcaactgaccaatcaaaacttacatttgaaaatttggtgATGGTgcgtttacaactcgtgtatctttacgtcacacaaccatgtttgcATACTCTCTTGCaaccacgcctctcggccaatcagagcgcgcgcgtactatcttagttattttataaagatAAATACGCCCTAGGATTAGCACGCACGCTATGGTATAATTATTGATGATAACTTTGCTGGATTTACGTTTGGTTGAAGTTATCATGATATtccatcgtcgtcatcatcaacATTCTTATCGTTTATCTTCATCACAATCACCTGACACAACATGACTAAAAGCAAAGATGAAAACACTCTTACATCACCAGCCCGTGTGTGGCCATCAACGCATGCATGCGCATCACCATATCTCCTGGGTAGTGTCAGCCATGAACAGCAGTTTCGGTGTTGTTAGGTCTCgtctagtctccttcgcagccgtctttcgggacggggagcgttgcgtgacatcccgaaagacggctgcgaaggagactaggtctCGTCAAGAGTGGATCAGGTAGGAGTGTTCCTCAATCACCTTACGGTAATATCCCAGCACTGTCGGAAACCTCACCTTTAACCCAACAGCTTAAGTAATATTATTCAGCCATGTCTCGCTTACCCGGACATACTTCGTCGCTTCAATGTCATTAACAGTACTATTATTTCGGAAATGGACTTTTTGGGGAATCGTTACAGTTACAGCAACTTATTTTCAAGGAATTGTGTATTCTAATTTCCAAAGAAATTGTGGTGTTGCGTCGGTGAGACCGTAacagtgaaacatgaaaattgggtttttatcagacgagttggtaaaggtcgaattaccaccgtgaaagatttggaaagctgacttttcgagcgttagcccttcgtcagagcaagtGAATTATTCTAAAAATATACTGTGCTGGCTAGCCTGCATACATCCAATGGGAACACCCTTACCTGATCCCCTCTCGTTGTCACAGCATAGCCGTTGAACCATCTTCGGAAATGTCATAACCTCAACCTCTTTTTTGAACAAAATGTCTGTCACCACAGAAAcgacaaaataaataaatactcAAGAATTCATCGTTTAAAATAGCGATTCAAGAAGAACAGCTGTTACTGTAGTTGCGCCCACTAGCAAAGCCTCTTTTGTTGAccgctgcatgcagacgaggcttacgggtcaatacaatggaaaacgACCTGTCAGCTTCGTTTATGTGTGAAAACCGCTGTTAACTAGTACAGAATGT
## >::NC_058066.1:1144883-1148491
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## >::NC_058066.1:1153398-1165634
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## ==> ../data/pmea_bedtools_lncRNAs.fasta <==
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## TGTCACGTTTATCTTCATGTAAAATGTTTTCGATTTCTTGTGAGCGACGAAAACCATCTGGTGAGTCGACAGTAAGAACGGTCACCTACACAAAGGCGTTGTTTGAAGGCCAAACCCATATCTTAGATCATTTCTAATTTACTGAAAATCGGGCGTCACCCGAATTTAAACAATTTGAAGCAAATTATAAAGTTATTTGATAAAGACTTTGGAGATAAAGCTATGCACCGAAAGTGGAAATGACAACGAGATAAAAAGGAGCCTAAAAATTGCCTGAGAGCTCCATCAAACTGTCTTTGATCAGTTACCGTCACGTTTCAACTACACATATCAATAAGGCGCTTTTCTTTCTTTTAAAATACTCAGAAGCTAACCGTAAACATTATGTGAAAAGCGAATAGTTGCCATAATAATGGCATTGATTTAACCAGGTCAGGTTGTGTTTGTTGCCTTTACCTGCTAATTTGACTATGATGTCGTGTTTATTTTCTTTAAGAGAAATAGCGTGTTGATCATACCGTCCAATAACGTGCTTTACATCAGGAACTATTTAAATGAAGGGGGAATGGATTGTCGAGTGATCCACGATTATTTAACTGCTTAATTTCTTGCCAAAATCCCTCGTTTCTTATGTAATTTGCGTTTTTCTTTGCTTCTAGTGAACAGCAGTTTCCATACAAAAAGAATCACACAAGCGTCGCTGTATGACAAGAGACTAATAATAGTCAGATTTACACGGATTTTTCAAAGAAACTCATTTCTTTTCGTAACGAAGTTCCAACAAGCCAGCTTATTCCAGAAGCATTAGACTAAGTTTCTTTTTCTATATTCCCTTTGAAGGCGGTTAAAAGACTAAGTGTCAAAGGCTGGGATGCGTTTCAACAAATCTCTGCGAATATCCGTTCATCAATTTATGATAATTTTTGCCACTGGTCGCACTTTGTGTACAATTTATGTATCAGTGTCTTCCATTTAAGTGATGAATGCCTTTCATGTTTCGTTCATTTTTCTCTTTTTTTAAGTTAAATGATAATCGATACAC
## >::Pocillopora_meandrina_HIv1___Sc0000000:164762-165433
## AACCGTAAACATTATGTGAAAAGCGAATAGTTGCCATAATAATGGCATTGATTTAACCAGGTCAGGTTGTGTTTGTTGCCTTTACCTGCTAATTTGACTATGATGTCGTGTTTATTTTCTTTAAGAGAAATAGCGTGTTGATCATACCGTCCAATAACGTGCTTTACATCAGGAACTATTTAAATGAAGGGGGAATGGATTGTCGAGTGATCCACGATTATTTAACTGCTTAATTTCTTGCCAAAATCCCTCGTTTCTTATGTAATTTGCGTTTTTCTTTGCTTCTAGTGAACAGCAGTTTCCATACAAAAAGAATCACACAAGCGTCGCTGTATGACAAGAGACTAATAATAGTCAGATTTACACGGATTTTTCAAAGAAACTCATTTCTTTTCGTAACGAAGTTCCAACAAGCCAGCTTATTCCAGAAGCATTAGACTAAGTTTCTTTTTCTATATTCCCTTTGAAGGCGGTTAAAAGACTAAGTGTCAAAGGCTGGGATGCGTTTCAACAAATCTCTGCGAATATCCGTTCATCAATTTATGATAATTTTTGCCACTGGTCGCACTTTGTGTACAATTTATGTATCAGTGTCTTCCATTTAAGTGATGAATGCCTTTCATGTTTCGTTCATTTTTCTCTTTTTTTAAGTTAAATGATAATCGATACAC
## >::Pocillopora_meandrina_HIv1___Sc0000000:245809-248612
## GGAAGAATTAAGAATCTTAAACTGTTATTTTGGTCTTCTTAGATGCACCGCCGTAAAGATGGATGCATACAAAGGACATGAGTGGACAGAAAGGAACTGCGCTATGGTAAGCGACACTTTCCATTTTCACAGGCTCTTAATGTGTACATGTGGCTGCTTTTTGTAAGACAGTGTATTGATATTTGCGCAAAATACAAATGGATCTAACATGCCAAAAATATCTTGTCAAGGTGACGGGTTTCCTTTGTAGGCCATTTGAAAGATTTCAAAGTAGTGTAGAATGAATTTGAAAATCTTGCACAGGAAAATGTTTTCAAAAGGCCACGATCACTTTTGTAACTGTTCTGTCATTTGGGAAAATCGCAAAAATAAAGTATGTTAAGGAAGCATTTCTATATTTCAAATTTTTCTCTCGATCGTCAACCAGCCCGGAATCTTAACTGTTCAAGCTTATGATTTGTTGTTTGGGAGTAAAAGGAAAATACCGGTGAGTCATAAAAATTTTTTAGCCGTTTCGAGCTTTTTTGACGAATCTTAGATATTCTGTGCTACTTCTCTAATCCAAGGAGTAATCATATCATTCATGTGAAAGAAAACAATGAGAGAAGATTTCTTCATTTACATAAGATGAGATTACGCCAGAAAAATGCGCCACCGATAAAGAATGATCGGAATGTTAACAAAGGTTTTGGTGAGATTGAAGAATTTTGTTGAAAACTAGTGGTACATCTTTTCCATTTTTTCCCCCAAAAAATATGAAATTATCTTCCTTGTTGGATGTCAATAAGAGTAAAAATTTTGGAGGAAGTTTGTGACAGTGAAGCGTAGGAGTAAGTGTGTGCCATCCACTCTCGTTGATATACAACTTCGAATATTCGTAGTACACGCTTTGTTCGCACATTTTTGGTTCGAGGTGAAGACCGATTTTTATGGCATTTTGAGCGACGTCATTAATTACCTTTAAATTTTTAAAACTCGTAAGTTTCAGTGTTATGAATGTTTGCAGTTATTACACGTACGAATTTTCATCGACGAGAAACGATCTCTTGTAGAAGTCATTAGATTCCAATTTTAAACACAAGAAATTTCCAGAGTGTTGGAAACTGTACCATACGTTAATTATTCTTAATTTGATTGAAATTTATAAGCGATTTCGTTTATCTATACATAAGTAGAGCGATGTATATATTGTGGGAGGAAAAAGACAAATAAACTACTAGTTCATCCCATCCTGAGTGGTTGCCCACTCACAGGGATCCCCTGATGAGTGGGCAACCACGAAACAGGTCTGTAAGGATGAACTGGTAGTTTATTTGTCTTTTTCTTCCCTCGATATTTACATCGCTCTACTCCGATGTATTGAGCACTGTTTTACGTAAGTCAAAATTTTACACTGTAACTAAACAAATATGTAAACGGCACGTGTCTTATCGCCCCAAATATGGCATGGTTCCACGTGCTTCAGTACAACGGGACGTTTAGTGTGTTTCCTTAGAATAAGCCGAGAGTTGTGAGTGGGAGTTAACCGAAGCGTTGTGGTAAAATCGTTAAATCGAGTTAATAAACCGTGACTTAATAAGGAAGCATGGTACAGCTTTTTCGCATTTTCGACTCAGAATTTTTTCAATTCATTCGCGGAATTTTTGTCGAACGCACTGAAATATTTTAAACAACAATGTTTTTTTTGCGCAAACATGAATACATTGCCCTTTTATTTTGTGAATATAACAAGTCTAGAAAACATTAGTGAGTAAGACGTTTTCAATCCTGCTATATCATTGAAATCTCAAATTTGAAATAGAATCTTTGAATTCATAAGGGAGGTAATTATAATGACTTTAGGCAGGTTGGGTTAAATGTCATGAACTCTTGGCTTTGCTTTAACCTAAGAAAAGTAACACGGGAAGAAATAAGACTTGAATATATCACGCTTAACGAAAGTGTTTTCTTTTAGTGACCATCAACTCTGAACAAAACCAATTTTTCGTATCACCTAAATCGCTTTTATATCACGCATTTTGGAATATTTTCTTACTATTCCCTGAAGATGCCGTAGACCAGCGAAGGCTCAGAATAAAAAGGAAATACAGAAGCTCAAGGTCTCAATCGATAAGTCCATTTAATCAACATGCTACTGAGGAACAACTAGCTTCAAACATTTTCTAAACAAACCATTCAGAAAGGCAGAGAAATGTTGACATTTGTAACAGTTTTGTTGTAAGTTTAGTTTTTTCGTATTTTAACAACTACGTTTGTATTCTCTTGCAGTTCATTTAACACCTCTTGCTGAAGCCGATCACAAGCAAGGAGAGAAAGACGAAAAGATCGAAAAGGCTGAACAAGAAAGACAGTTGAAGATTAATTTTAGAGGTAAAACATGTTACTAAGCAAAGCCAAGTTCGTTTTAAGGCTAGTTTATTTTCTGCTTTCGAGACAGATTCACAATTTCGTACTGAATTTCAAAAGAAAGAAGTTTTGGATTTTAGAAACTGATTTCGTGAGTAGATTAGAAATCATTTGGCAAGAAACAAAACATTCTAATGCAACAGTTTCGGCTGAGTTTAATAGAGAGAACAAATCGTAGCTCGATATTTTTTCTACAGCTTATAAGGACATTGTAGAGTTAACATTTATCTATGGTCATAAGTATTTTGTTGAATTTCTTGTTTGATATTTTCTCCTCGAAATTTTCACTGCAAAATTCCAGAATTTCTTAGAGGTTGATGAATTTATCAGGCTTATTATATTATTGCTCAGTTAAGTTCAGCAATTTGCTTGTGACAGTCTTTTGGCGCGAATTTTC
## >::Pocillopora_meandrina_HIv1___Sc0000000:540344-541981
## CCTGACTTTCGCTACATGTTAAATTTCACTCAAAATTATTGATTGACATGCTACATACAGCAGCAGCACTACTATTGTTGTCTCGGCCTTCTTGTCAACGATTGATATGTATTTAAAAACAAACCACGATCAAGTGCTGAGAGAAATTTTAAAAGCTTGCGCCATCGTTCCAGCCAATTAGAGGCAAAACTTTTACCAATCGCGCCTTGGCCACTTACGTTTCCCCGCGCCTAAGGTCGTTTGCTTTTTTCGCTTTAAGTTCTCATTAAGTTGTTATATTTTTCTTGATCTGACGAGCTGTGGTAATACGCCATTCTTTAGCTACACTAAAAACTCACTGAAAACGTTCTTTAAGACAGGAAGTACATTTTTTAAATATCTTATAGTTACATTCTTCTTCTTTAACGTGATTATTATTGTATAAAAGATGCGTGTAGATACATATTAATAATTACTTAATGTACACAGTTTCACATTTCCTGCGTAAATCCATTGGTTATTTTAAATACAGATGAGAGAAATACTCTTTAAATAAAACTAATAACGTGAGTCATTCACTGCTTAAATTCAATCATACTTTTCTGCAGAGAACGAATGAAAAGTGACAACATGGTGCAGATTGCGCACTTAATAAACCGTTGGACAAAATCAGTTATGAAATTTTTGGTGTTGATATCTTATAGAACCTATGTAGTTTACTGTTTGCAGAATAAAAGGAACTGGTGAGAATTTCTGAAGCGGTTACCACGCTGAAAGATTCTTACTGTCTAAACCTCTGAAAGATAGATAGTATGAAGTATTAATACGGTCATTCTGTCATCTAACAGCCTGTTGATCGATTTTCGAACCTACCCCTCCATTAAGCGCAATTTTATCTACACTATTGAGGCTTGAGATTCTTTCGAGACTCCAGCTTTCAGAGGACCAGGACACTATCAGGCTACATCAATGTCGATGAGTAAAGCTGTCATGTAAAGAAAAAAGCAAACCGGCGGCGAAACGACCAGAGGTGAAACTCCATTATGGGCCTTCTTGCTTTCGCTCACTGCTACTCCTTTGATGCTTTTACCTGGATCATTATATGGGATTTGCGTAATTTGTTTGGGATCAAAGACGAAACGAGTGTGAACCTCGAAATTTCGTCCAAAGCAGCAACTCACTAACACGATAGCACACCGATGCTCGCAAGTACGATAATTATTTTAATTTTATCAAAATTTTTTAATATTAGAACTTTGCCATACAAATCCTTAGAAGCTTCGGACATTTTTAAAGGGCATTAGGAAAACTCTGCGCATGCTTGGCCGCCATGATGTCCTTCATTTCTGCCCATGATTGATTGACATGCTACATACAGCAGCAGCACTACTACTTTGAAAACAAACCACGATCAAGTGCTGAGAGAAATTTTAAAAGCTTTTAAAAGCTTGCGCCATCGTTCCAGCCAATTAGAGGCAAAACTTTTACCAATCGCGCCTTGGCCACTTACGTTTCCCTGCGCCTAAGGTCGTTTGCTTTTTTCGCTTTAAGTTCTCATTAAGTTGTTATATTTTTCTTGATCGGACGAGCTGTGGTAATACGCCACTCTTTAGCTACACTAAAAACTCACTGAAAACGTTCTTTAAGGCAGGAAGTAC
## >::Pocillopora_meandrina_HIv1___Sc0000000:551803-553744
## TCAGTGAGCGAAATGCCAAGAATTTTGTTTTACAAATCGCTGAATGATCTCAGTACCGCGGATTTTTACACAGAGAGAAAGAGAAAAAAATCTAGATTCTACGAGATCGAAAGAGTCGTTTCAAAAAGAGTCAGTAAGAAAAAGGTAAGCGAATCTACTTTGCTCCGAGTGTTTGACTGAAATGAATCTCTCTTTCATAACGAATACTCGTTAAACCTTACTCAATCGTTGGTCTAGATTGAATATTTTTTCAAGTGGAAGGGCTACTCGAGCCTACAAAACTCCTGGGAGCCAGAAGAGAATTTAAACGCCTTTGCTTTGAGGTGAGATATCATGTGTGATTAACAGCTTTATAATTACACAAAAAACAGGAGAAATCCGTTACATTGGTTTTCTCTGTTGATATTCTCTGCTTGTATGTAATAATTTCCTATTCAATGTAAAAATTGTAATGCTATTTTTTAAGATGAATGTTTTTTCCTTGCCCTTAGGTCATTCAACAACCCAAGGCTCACACAGCAAGAGATTGCTGATGCCAGTGAGGGTCTCCACATTGGTATTTTAGAGCAATTAAAATCAAAGTCCCAATTACCCACTGTCATTGCTTTTAACCACACTTATTTTAACTTTTTGTTTAAAGATAAGGGACGGAAAAGTAATGACAGTGGATACATCCTCCTTGAAAAACAGGATTTTATAAGATGCCACTTTCCTAATGGATGGCACAGGCTAATAGATAGTATAGGGGATGGGGTGCAAATTGACTTTCCTGTGAAGGTCAGATTGTTTTTGTCATGGAGTCCAAAGACTCATAGCTTGACAGGGGAGTCAATTACACCTTGCCCACGATATAGGCCAGAAAAATTGAGTATTTCTTTTTGTAAAGCAGCATGTAGCCTGACATGAGACAAATTAAAGAAACCAAGACTTGATTTGATTCTATTTGGCATTGTGTATTTATTACAAAATAGAAAATCTATATTTTTGTAGTAGTTCATCACATATTCTTATATTGAGTCAAATTTTTCATATTTACAACCTAGAAGTACTTGCGGTGTGCAGGCTGTTTTTCAATTTGTTAAGTAAGTATAAAGGACACAAGAGTAGACCTCCACTTCATTGAATGCCAGAGAACATTTTTACAATCCAAAGAACAAAAAAATCAATAGTTTTGTAGTATTTGAGATTGCTATCCCAATCATTGTTGTTATTGTTCTATTTTTCAATACTGAGTTCTCTCCATTGTTCAGTGCAGTGGTGGTCTACTGAGACTACCCTAGATATATATGTTACCCTCATGGTAAACTAAGCGTTACTCAGGTTCTTCAGGATCAAATGTTGTTTTCCTTTTCTTGCTCCTTGCCTCAAGGAGATCTTTTTCCCAGTATTCTGTATTTGATTTATTATATGGCCTTTTCTCCCTTTCTGATTTACGTAGAGCCCATTGTCTGGCCTCAACTTTTAGGACATCTGAGGCAGCATCCCATTTATTTGATTTATGTAATACAATGTTTCTAGCATAATCATTGTTTTTCTCCACACCCTGCCCTGTGAAAATTTTTACAGACTTGTGGGTCCTGAAGAACTTGGGGATATGGAACACCATAGCATGGATATACGGTGTTATTCGTGCACGTTCATAGCCCTTTCTTTTGTCTCTTAGAGAAATGAAAAGGTTTACCCAGCTTTTAGCCTTTTCAAAAAAATCTGTAATTTGCTTATCTGAATTTTGACCACTTCCAATAAATGTATATAGTTCCCTAAAGTCTTCCCATATTTTCTTGACAGTATTTGAAGTTGAAGTCTGAACAACACTTAAAATTTTGCCTGGGAGCTCTCTCAGGAGTTGCTTTTTGTCATTCCCAAGCAAACTTGTAAAATCATAGGTGCCTGATCCCTTTCCATCAGCATTGGTTTTTTCCCAGATATCAAAACTAACCC

0.3 length distribution

# Read FASTA file
fasta_file <- "../data/apul_bedtools_lncRNAs.fasta"  # Replace with the name of your FASTA file
sequences <- readDNAStringSet(fasta_file)

# Calculate sequence lengths
sequence_lengths <- width(sequences)

# Create a data frame
sequence_lengths_df <- data.frame(Length = sequence_lengths)

# Plot histogram using ggplot2
ggplot(sequence_lengths_df, aes(x = Length)) +
  geom_histogram(binwidth = 1, color = "grey", fill = "blue", alpha = 0.75) +
  labs(title = "Histogram of Sequence Lengths",
       x = "Sequence Length",
       y = "Frequency") +
  theme_minimal()


# Read FASTA file
fasta_file <- "../data/peve_bedtools_lncRNAs.fasta"  # Replace with the name of your FASTA file
sequences <- readDNAStringSet(fasta_file)

# Calculate sequence lengths
sequence_lengths <- width(sequences)

# Create a data frame
sequence_lengths_df <- data.frame(Length = sequence_lengths)

# Plot histogram using ggplot2
ggplot(sequence_lengths_df, aes(x = Length)) +
  geom_histogram(binwidth = 1, color = "grey", fill = "blue", alpha = 0.75) +
  labs(title = "Histogram of Sequence Lengths",
       x = "Sequence Length",
       y = "Frequency") +
  theme_minimal()


# Read FASTA file
fasta_file <- "../data/pmea_bedtools_lncRNAs.fasta"  # Replace with the name of your FASTA file
sequences <- readDNAStringSet(fasta_file)

# Calculate sequence lengths
sequence_lengths <- width(sequences)

# Create a data frame
sequence_lengths_df <- data.frame(Length = sequence_lengths)

# Plot histogram using ggplot2
ggplot(sequence_lengths_df, aes(x = Length)) +
  geom_histogram(binwidth = 1, color = "grey", fill = "blue", alpha = 0.75) +
  labs(title = "Histogram of Sequence Lengths",
       x = "Sequence Length",
       y = "Frequency") +
  theme_minimal()

0.4 counts

fgrep ">" -c ../data/*fasta

## ../data/apul_bedtools_lncRNAs.fasta:15854
## ../data/peve_bedtools_lncRNAs.fasta:7018
## ../data/pmea_bedtools_lncRNAs.fasta:12370

0.5 Peve Count matrix

0.5.1 avg expression distribution

https://raw.githubusercontent.com/zbengt/coral-lncRNA/main/ouput/peve_lncRNA.isoform.counts.matrix

cd ../data

curl -O https://raw.githubusercontent.com/zbengt/coral-lncRNA/main/ouput/peve_lncRNA.isoform.counts.matrix

pevect <- read.csv("../data/peve_lncRNA.isoform.counts.matrix", sep = '\t')

pevect %>%
  rowwise() %>%
  mutate(avg = mean(c_across(2:5))) %>%
  ggplot(aes(x = avg)) +
  geom_histogram(bins = 100, fill = "blue", color = "white", alpha = 0.7) +
  xlim(0, 100) +
  labs(title = "Histogram of Average Column",
       x = "Average Expression Value",
       y = "Frequency") +
  theme_minimal()

0.6 blast comparison

/home/shared/ncbi-blast-2.11.0+/bin/makeblastdb \
-in ../data/apul_bedtools_lncRNAs.fasta \
-dbtype nucl \
-out ../data/blast/apul_bedtools_lncRNAs

/home/shared/ncbi-blast-2.11.0+/bin/makeblastdb \
-in ../data/peve_bedtools_lncRNAs.fasta \
-dbtype nucl \
-out ../data/blast/peve_bedtools_lncRNAs

/home/shared/ncbi-blast-2.11.0+/bin/makeblastdb \
-in ../data/pmea_bedtools_lncRNAs.fasta \
-dbtype nucl \
-out ../data/blast/pmea_bedtools_lncRNAs

apul_bedtools_lncRNAs peve_bedtools_lncRNAs pmea_bedtools_lncRNAs

/home/shared/ncbi-blast-2.11.0+/bin/blastn \
-task blastn \
-query ../data/apul_bedtools_lncRNAs.fasta \
-db ../data/blast/peve_bedtools_lncRNAs \
-out ../output/apul_peve_blastn.tab \
-evalue 1E-40 \
-num_threads 40 \
-max_target_seqs 1 \
-max_hsps 1 \
-outfmt 6

wc -l ../output/apul_peve_blastn.tab

/home/shared/ncbi-blast-2.11.0+/bin/blastn \
-task blastn \
-query ../data/apul_bedtools_lncRNAs.fasta \
-db ../data/blast/pmea_bedtools_lncRNAs \
-out ../output/apul_pmea_blastn.tab \
-evalue 1E-40 \
-num_threads 40 \
-max_target_seqs 1 \
-max_hsps 1 \
-outfmt 6

wc -l ../output/apul_pmea_blastn.tab

/home/shared/ncbi-blast-2.11.0+/bin/blastn \
-task blastn \
-query ../data/peve_bedtools_lncRNAs.fasta \
-db ../data/blast/pmea_bedtools_lncRNAs \
-out ../output/peve_pmea_blastn.tab \
-evalue 1E-40 \
-num_threads 40 \
-max_target_seqs 1 \
-max_hsps 1 \
-outfmt 6

wc -l ../output/peve_pmea_blastn.tab

wc -l ../output/*tab

##   1117 ../output/apul_peve_blastn.tab
##   1008 ../output/apul_pmea_blastn.tab
##    483 ../output/peve_pmea_blastn.tab
##   2608 total
Written on August 11, 2023